Saber cuantas ballenas quedan, requiere de dos capacidades fundamentales. Una es, idealmente, la de poder diferenciar una ballena como individuo de entre las demás. Mientras que la otra, es la de poder acercarse a cada una de ellas para registrar su existencia.

Diferenciación
La identificación de cada una, se puede hacer actualmente por dos métodos: 1) el uso de fotografías o video que registren las marcas naturales que sus cuerpos poseen, y 2) el análisis molecular de muestras de piel de unos 10 mm2, las cuales pueden ser obtenidas sin necesidad de capturarlas ni matarlas. Este último, es muy exacto, pero es costoso y no permite diferenciarlas en el mar sino sólo luego del análisis de laboratorio. Idealmente se deben utilizar ambos métodos de forma complementaria y para verificar las identificaciones.

Ambos métodos, producen catálogos con las identificaciones y requieren de un esfuerzo permanente para registrar los individuos desconocidos, por ejemplo los nuevos nacimientos. Sin embargo, el método del video o fotografía, requiere ser actualizado periódicamente, adicionalmente, porque las marcas pueden cambiar con el tiempo, con el consiguiente riesgo de registrar a una misma ballena más de una vez. La estimación de los tamaños poblacionales de las ballenas y otros cetáceos, mediante su identificación individual, permite además de conocer cuantas existen, hacerlo con el error más pequeño, y realizar un seguimiento en el tiempo. Lo cual permite conocer sus desplazamientos, su composición familiar, y si están recuperándose de las matanzas o no.

Existen algunos científicos que utilizan otros métodos, que se basan en estimaciones estadísticas de sus tamaños poblacionales, a pesar de no cumplirse sus supuestos estadísticos. Particularmente, cuando estos métodos satisfacen intereses distintos a los seriamente científicos. Por ejemplo, el uso de métodos que estiman mediante la cuantificación del esfuerzo empleado para removerlas del universo muestreal (por letalidad), que a pesar de proveer resultados poco confiables, les permiten matarlas para luego vender la su carne. Satisfaciendo en realidad un interés comercial mediante un mal uso de la ciencia.

Accesibilidad a las ballenas
Los métodos para acercarse a una ballena lo suficiente como para poder registrar en video o fotografía sus marcas naturales, y/u obtener una biopsia de piel son básicamente dos. Uno que es el posicionarse en una isla o la costa, en zonas donde ellas suelen frecuentar, y la otra es movilizándose en busca de ellas (principalmente en embarcaciones, si bien en algunos lugares se pueden utilizar aviones).
La distancia para hacer estos registros es de aproximadamente 30 metros del animal. Sin embargo, esta actividad requiere de la tolerancia de la ballena en permitir este acercamiento, y un estado del mar (clima) favorable.