A medida que las actividades humanas se han desarrollado desconociendo su efecto en el ambiente, progresivamente se han incorporado amenazas de diversa naturaleza, en contra de la supervivencia de los mamíferos marinos.

Contaminación química
Uno de los peligros más recientes y preocupantes es el cambio en el ambiente debido a la incorporación de contaminantes. Las ballenas ocupan un sitio en la vida de los océanos, en el que reciben y acumulan los contaminantes que nosotros vertemos en el mar (pesticidas, basura y desechos químicos), en sus tejidos. Así la potencialidad de que los mamíferos marinos experimenten daños y muertes por intoxicación, es creciente dado que también lo es la existencia de contaminación de los mares. Estos tóxicos se acumulan en su grasa, musculatura y algunos órganos internos, provocando diversas patologías como: esterilidad, problemas nerviosos, cáncer. Cuando el alimento es menos accesible, al igual que nosotros, los mamíferos marinos recurren a sus reservas de grasa. Es entoces que se libera a su sangre los contaminantes que estában acumulados, produciendo una intoxicación severa que puede causar la muerte del animal.

Contaminación acústica
Individuos de la familia Ziphiidae, han sido encontrado varados muertos con evidencias de trauma acústico, luego de estudios acústicos activo en Bahamas, luego de ser expuestos a 160 dB. Los estudios acústicos activos son aquellos que no sólo registran el sonido ambiental bajo el agua, sino también lo emiten. Son generalmente utiliizados durante estudios de sismología y pruebas de sonares activos con fines bélicos. Algunos se éstos, extremadamente poderosos como los LFA, capacez de dañar e incluso matar cetáceos a grandes distancias, entre otras especies.

Los equipos más utilizados en estudios de sismología, corresponden a los DTAGS, los cuales operan a 197 dB de intensidad a frecuencias entre 250 Hz y 1 kHz. Normalmente, consideramos como límite peligroso, los 160 dB de intensidad. Con una pérdida de 20 dB en cada paso logarítmico, la fuente de los DTAGS debiera ser de unos 177 dB a 10 m y 157 dB a 100 m, por lo que aquellos animales que están a profundidades mayores que 100 m en relación al dispositivo acústico, están relativamente seguros. Sin embargo, dado que los cetáceos deben respirar en la superficie, estos equipos pueden dañar de forma significativa a los cetáceos cercanos a la ruta de estudio.

En Chile, se han realizado estudios con DTAGS, durante estudios de sismología. Sin embargo, la legislación local no contemla retricciones para su uso ni la presencia obligada a bordo de la embarcación, de un cetólogo calificado que observe su cumplimiento y efectos en el ambiente.

Dado que no existe un plan nacional organizado que permita el rápido estudio del oído interno de los cetáceos que varan en la costa, por personal calificado, se desconoce si alguno de los varamientos registrados, ha sido causado estudios de este tipo.

Calentamiento global
Los cambios ambientales planetarios que estamos provocando por el sobre consumo de combustibles y la deforestación, no sólo se limitan a un aumento de la temperatura en la tierra, sino también de los océanos. Esto altera las condiciones superficiales del mar, y pone en peligro la cadena alimenticia desde sus niveles primarios. Así, las ballenas y otros cetáceos se están enfrentando a un cambio climático de su hogar y a una disminución de su alimento.

Sobre pesca
La pesca es una de las actividades comerciales más difíciles de fiscalizar. La flota de barcos pesqueros no sólo ha crecido significativamente, sino también pueden recorrer distancias cada vez más lejanas y con mejores tecnologías (sonares y apoyo satelital). Adicionalmente, existe una flota pirata (ilegal) que pesca sin respetar ninguna disposición legal. Los cetáceos han vivido en los océanos por más de 50 millones de años, comiendo principalmente peces y calamares. Se han especializado en ello, y su tamaño poblacional potencial está limitado también por la disponibilidad de alimento. Mismo que cada vez es más escaso por una actividad pesquera irracional. Incluso hay quienes plantean el deseo de cazar ballenas como forma de disminuir la competencia pesquera. Como consecuencia directa, es esperable un aumento de las interacciones competitivas entre cetáceos y barcos pesqueros.

Radiación UV
Los mamíferos marinos cada vez tienen menos que comer. La menor disposición de alimentos causados por la sobrepesca y la pesca pirata, no es la única causa. El aumento en la radiación ultra-violeta puede estar dañando los micro-organismos que son responsables de las primeras etapas en las que la energía solar es incorporada al sistema biológico de los mares. De esto depende toda la vida en el planeta. Actualmente, se realizan estudios para cuantificar el efecto de la radiación sobre las poblaciones de Krill, correspondiente al alimento principal de las grandes ballenas.

Complementariamente, se han registrado daños en la piel de los cetáceos, provocados por el aumento de esta radiación (cánceres, patologías infecciosas y malfuncionamiento de la síntesis de colágeno).

Interacciones pesqueras
Una de las amenazas más importantes y menos conocidas por la gente en general, es el bycatch, o pesca accidental. Corresponde a quellos casos en que los métodos de pesca no sólo capturan la especie objetivo, sino también accidentalmente otras especies denominadas "pesca secundaria". En este tipo de "accidentes", se ven involucradas tortugas, tiburones, aves y también mamíferos marinos. Entre los cetáceos, los más afectados, son los cetáceos menores, entre los cuales están los delfines. Aproximadamente 1000 cetáceos mueren diariamente ahogados accidentalmente en redes de pesca. Más información en nuestra sección sobre Bycatch.

Tránsito náutico
Si bien los aviones poseen más tecnología cada día, la mayor parte de la carga es aún transportada principalmente por barcos. Cada año la población mundial aumenta y sus necesidades también. El comercio internacional se globaliza, incrementando la presión por entregar un mejor y más rápido servicio de transporte, para ser competitivos.

Los barcos surcan los mares siguiendo rutas náuticas que les permitan ahorrar combustible y llegar pronto y con seguridad a su destino. Estas rutas son también utilizadas por las ballenas en su migración. Antiguamente, su tamaño era suficiente argumento para inducir a los capitanes a procurar no colisionarlas. Actualmente, por sus dimensiones, estructura y gobierno automático, los barcos no tienen este problema.

Las ballenas, nadan en la superficie para respirar, donde también reposan mientras descansan o duermen. Allí nadie está presente para fiscalizar, o penalizar su atropello.

Los lugares costeros donde solían descansar con sus crías, unos días, para luego proseguir su migración anual, ahora son ocupados por puertos saturados de embarcaciones que profitan de la misma seguridad climática que buscaban las ballenas.